《三国战记正宗2009》中最大的改变便是将BOSS怪的出场几率变得更加频繁，不过强度有所降低，并且将BOSS左慈改为暗黑诸葛亮，这也是该版本中最大的挑战。另外游戏一改之前切换角色的复杂操作，而改用简单的跳A，从此玩家可以在切换人物的瞬间也能打出连续技。游戏中继续沿用了以前的道具，不过道具的掉落的以往的要更多。
1P控制键
W A S D=上 下 左 右
J K L ;=打 跳 选物品 放物品
U=放能量条
1开始 5投币
2P控制键
↑ ↓ ← → =上下左右：键盘上的箭头
1 2 3 4=打 跳 选物品 放物品
2开始 6投币
增加声音方法
音频（S）-Qsound-开启声音
修改游戏按键方法
游戏(G）-设置控制器-游戏者
